Špeciálna základná škola v Jarovniciach bola založená ako osobitná škola v starej budove základnej školy v roku 1981. Vznikla vlastne odčlenením špeciálnych tried od klasickej základnej školy. Budova tzv. panskej sýpky historicky patrila uhorskému zemanovi Merse Palovi Szinyeovi. Ten ju neskôr (okolo roku 1920) predal do židovských rúk. V nadchádzajúcom období prešiel majetok pod správu obce. Po nežnej revolúcii získala reštitúciou budovu cirkev.

Ako jej vlastné priestory boli označené tri učebne. Vyučovanie vlastne prebiehalo v šiestich triedach pri dvojsmennej prevádzke. Rok 1987 je pre špeciálnu základnú školu zaujímavý tým, že z jej prednej časti bola presťahovaná materská škola a tým sa zvýšil počet priestorov využiteľných pre vyučovanie na 10 miestností. 

Na základe väčších priestorových možností a v súlade s potrebami školy bola zriadená zborovňa predelená kabinetom, riaditeľňa a menšia kuchynka slpžiaca pre stravovacie potreby. Aj za týchto podmienok kontinuálne prebiehalo vyučovanie v svojsmennej prevádzke.

Od 1. januára 1997 škola nadobudla právnu subjektivitu a stala sa samostatnou rozpočtovou organizáciou. Jej zriaďovateľom sa stal zákonom Krajský školský úrad v Prešove.

 1. septembra 2000 na základe zmeny legislatívy bol škole zmenený názov. Od toho dátumu nesie oficiálny názov Špeciálna základná škola Jarovnice.